Una tarea sustantiva de El Colegio Mexiquense es la docencia y actualmente contamos con dos programas de posgrado que a partir de 2006 han ingresado al Padrón Nacional de Posgrado (PNP) de CONACYT.

En 1987 se creó la Maestría en Ciencias Sociales con especialidad en Desarrollo Municipal; y en 2001 el Doctorado en Ciencias Sociales en modalidad tutorial. De esta forma, la institución cuenta con un vínculo estrecho con la sociedad gracias a la formación de recursos humanos capaces de dedicarse, con altas calificaciones intelectuales, a la investigación y la docencia, o bien desempeñarse en los ámbitos público y privado