Por su parte, la Asamblea General ha establecido la existencia de una Junta de Gobierno con las más amplias facultades legales. Está integrada por siete miembros cuyas funciones son las de vigilar el cumplimiento de los estatutos, formular con el presidente del colegio el proyecto del reglamento interior, aprobar los planes y programas de docencia, investigación y becas, además de asesorar al presidente en todo asunto que se refiera al cumplimiento de los objetivos institucionales.

INTEGRANTES DE LA JUNTA DE GOBIERNO DE
EL COLEGIO MEXIQUENSE, A. C.
(A TÍTULO PERSONAL)

Como órgano auxiliar de las autoridades de la institución, se ha designado un patronato para la administración, acrecentamiento o consolidación de su patrimonio.

El presidente de la Junta de Gobierno, que es, a su vez, de la institución, se encarga de la administración de la Asociación Civil como representante legal de ésta con todas las facultades generales y especiales para decidir sobre su administración, cuidar del oportuno cumplimiento de los acuerdos tomados por la Asamblea General, nombrar y promover el personal académico, de investigación y administración; elaborar los programas de investigación y docencia, entre otras funciones.

La Secretaría General, la Coordinación de Investigación y la Coordinación de Administración y Finanzas complementan jerárquicamente la instancia de autoridades y niveles de control y supervisión de El Colegio Mexiquense, el cual cuenta en la actualidad con tres centros de estudios: el Centro de Estudios Sociales, el Centro de Estudios Históricos y el Centro de Estudios Socioespaciales y de Políticas Públicas. Cada uno desarrolla varios proyectos de investigación y docencia de acuerdo con la naturaleza específica de ellos. Para el ejercicio de su labor, cuentan con la colaboración de tres unidades de apoyo académico: la Biblioteca Fernando Rosenzweig, la Unidad de Publicaciones y la Unidad de Informática.