Códices: En la época prehispánica y parte de la Colonia, los grupos mesoamericanos elaboraron documentos pintados, que ahora conocemos como códices o pictografías, para registrar aspectos como su historia, religión, territorio, economía, entre otros. Desde 1992, El Colegio Mexiquense ha emprendido el estudio y publicación de estas fuentes pictográficas. Ala fecha, la colección se integra de catorce códices, nueve de ellos se elaboraron en el periodo colonial temprano y cuatro son más tardíos y pertenecen al grupo denominado Techialoyan. Además, El Colegio ha publicado libros que compilan artículos especializados sobre las pictografías y documentación de tradición nativa.

Cuadernos municipales: Monográficas sobre aspectos sociales, históricos y culturales de distintos municipios mexiquenses.